空氣過濾器是潔凈室凈化空氣的關鍵，作用是凈化空氣中的污染物，將經過過濾的無塵、無菌、無污染的空氣送入室內。過濾器分為高效過濾器、亞高效過濾器、中效過濾器、初效過濾器，根據潔凈室潔凈度選用不同效率的過濾器進行布置。各種潔凈度的空氣過濾器的選用、布置要求說明

　　一、空氣潔凈度100級、10000級及100000級的空氣凈化處理，應采用初效、中效、高效過濾器三級過濾。對于300000級空氣凈化處理，可采用亞高效過濾器代替高效過濾器。

　　二、空氣過濾器的選用、布置方式應符合下列要求：

　　⑴ 中效空氣過濾器宜集中設置在凈化空氣調節的正壓段

　　⑵ 高效或亞高效空氣過濾器宜設置在凈化空氣調節系統的末端

　　⑶中效、高效空氣過濾器宜按小于或等于額定風量選用。

　　三、對面積較大、空氣潔凈度較高、位置集中及消聲、振動控制要求嚴格的潔凈室(區)宜采用集中式凈化空調系統。反之，可采用分散式凈化空調系統。

　　四、下列情況的空氣凈化系統宜分開設置：

　　⑴ 單向流潔凈室與非單向流潔凈室(區)

　　⑵ 高效空氣凈化系統與中效空氣凈化系統

　　⑶運行班次或使用時間不同的潔凈室(區)。

　　五、下列生產的空氣凈化系統應獨立設置，其排風口與其他藥品空氣凈化系統的進風口之間應相隔一定的距離。

　　⑴ 青霉素等強致敏性藥品

　　⑵ β-內酰胺結構類藥品

　　⑶ 避孕藥品

　　⑷ 激素類藥品

　　⑸ 抗腫瘤類藥品

　　⑹ 強毒微生物及芽胞菌制品

　　⑺ 放射性藥品

　　⑻有菌(毒)操作區。

　　六、下列情況的空氣凈化系統的空氣，如經處理仍不能避免交叉污染時，則不應循環使用。

　　⑴ 固體物料的粉碎、稱量、配料、混合、制料、壓片、包衣、灌裝等工序

　　⑵ 固體口服液制劑的顆料、成品干燥設備所使用的凈化空氣

　　⑶ 用有機溶媒精制的原料藥精制、干燥工序

　　⑷ 病原體操作區

　　⑸ 放射性藥品生產區

　　⑹ 工藝過程中產生大量有害物質、揮發性氣體的生產工序。